El Consejo Universitario Centroamericano en su sesión del 13 de setiembre de 1962, resolución N°3, asignó a la Escuela de Química de la Universidad de Costa Rica, el rango regional para que asumiera la Dirección de los Estudios de Posgrado en Química. Esta resolución constituyó un reconocimiento a la labor que ha realizado y continúa realizando la Escuela de Química.

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A partir de ese momento, comenzó la preparación del futuro posgrado, que inició con un plan para capacitar el cuerpo docente e ir dotando de infraestructura adecuada a la Escuela. Poco a poco se fueron dando las condiciones que garantizaran una enseñanza y oferta de investigación superiores en distintas ramas de la Química, propias para el máximo grado que las universidades otorgan. Después de un proceso lento pero continuo de desarrollo académico y científico, el Programa de Posgrado en Química inició l
a Maestría Académica en el año 1975.

A partir de esa fecha el Programa se fue fortaleciendo con la llegada de nuevos docentes e investigadores en las diversas áreas de la química, la creación de centros de investigación y la adquisición de equipo instrumental para la realización de los diversos proyectos de investigación. Como carrera regional el Programa ha graduado un número importante de estudiantes en el ámbito centroamericano con el apoyo del Servicio Alemán de Intercambio Académico (DAAD).

Conscientes de la necesidad de ofrecer alternativas que impulsen el desarrollo en sectores productivos, formando profesionales con una formación más completa en Química Industrial,
se creó en 1995 la Maestría Profesional. Así, el profesional podrá desempeñarse en gerencias de producción, control de calidad, como jefe de desarrollo de proyectos, etc.

En 1995, el Programa Académico fue sometido a un proceso de evaluación para determinar si le correspondía continuar como carrera regional y se obtuvo un Dictamen Favorable Incondicional (XLIX Reunión ordinaria del CSUCA, 1996).

En 2007, el Programa fue nuevamente sometido a un proceso de autoevaluación con el fin de renovar la
Acreditación Regional, la que se obtuvo en la LXXV Reunión Extraordinaria del CSUCA, celebrada el día 3 de junio de 2008 en Cartagena de Indias, Colombia.